生物医学工程学院认真贯彻落实“四个面向”特别是“面向人民生命健康”要求，着力培养生物医学工程领域学术创新与产业创业的“双料”领军人才，加快实现高端医疗装备自主可控，为“健康中国”战略贡献力量。学院将学生职业发展与就业引导工作作为落实“三全育人”的关键环节，积极引导学生“立大志、入主流、上大舞台、干大事业” ，在职业发展和就业选择中实现自我价值与社会价值的统一，出台具体举措鼓励导师关心学生职业发展、推荐学生去重点行业领域就业。

生物医学工程学院培养的学生具备扎实的交叉学科基础、过硬的学术作风和开阔的国际视野，在职业发展中具备较强的竞争力，在生物医学工程学术研究、产业创新等方面发挥核心作用，得到用人单位普遍好评。毕业生中既有国内外知名大学的教授，又有创新型医疗设备研发产业的精英，更多的则是生物医学工程教学、科研、产业及管理方面的优秀人才。

近4年来（2020-2023），生物医学工程学院毕业生就业率97.9%，约90%的本科毕业生留在清华大学或前往国内外其他名校继续攻读研究生学位，近90%的毕业研究生前往生物医学工程领域的重点高校、科研院所、高新企业、党政机关等重点用人单位就业或自主创业。特别的，近60%的博士毕业生前往国内外重点高校、科研院所从事教学或/和科研工作，多名优秀毕业博士生入职清华大学教研系列教师岗位，或前往上海交通大学、天津大学、四川大学、西安交通大学等重点高校任教并聘为副高级及以上职称。